Si on tient compte, en plus, de l'influence exercée par les recouvrements meubles éventuels, on se retrouve face à des aquifères dont les sensibilités aux perturbations provoquées sont fort variables.
Vu les importantes ressources en eau qu'ils fournissent en comparaison des roches non carbonatées, ces aquifères sont intensément exploités et font l'objet d'études hydrogéologiques détaillées en raison de leur compétition avec les autres activités économiques liées à ce type de roche (carrières, décharges, tourisme).
Ainsi, les principaux phénomènes karstiques de Belgique se rencontrent dans les calcaires dévoniens et carbonifères où les nappes sont les plus exploitées mais aussi les plus vulnérables aux pollutions accidentelles. Des cas favorables se présentent toutefois lorsque l'aquifère est situé en profondeur sous une forte épaisseur de couverture protectrice non karstique, comme à l'Ouest du bassin de Namur.
Les craies du crétacé sont très peu karstifiées. Elles constituent des aquifères de fissures dont les ressources sont très importantes et géologiquement bien protégées.
Enfin, dans le Sud du pays, les calcaires du Jurassique (Sinémurien) sont peu karstifiés en raison de leur faible puissance et l'abondance d'insolubles mais ce sont toutefois des aquifères de bonne qualité.