Le milieu souterrain est d'une très grande diversité et d'une surprenante richesse. Nous nous trouvons ici, avant tout, en présence d'un type d'habitat naturel indispensable à l'harmonie et à l'équilibre de notre environnement. Il présente souvent un aspect paysager unique, ainsi qu'un intérêt géologique, minéralogique et géomorphologique, voire archéologique. Il est par ailleurs de plus en plus sollicité par la spéléologie sportive et scientifique ainsi que par le tourisme individuel ou de masse. Il est convoité par les milieux agro-alimentaires (champignonnières, brasseries) et industriels (carrières, stockage de déchets toxiques).
Qu'il soit naturel ou artificiel, il est caractérisé par un microclimat très particulier. Dans les zones profondes et retirées, il présente généralement une remarquable stabilité: l'obscurité y est totale, la température quasi invariable tout au long de l'année (entre 9 et 11°C à notre latitude) et l'humidité de l'air proche de la saturation (de 95 à 100%). Cette stabilité se voit de plus en plus compromise à mesure que l'on se raproche des accès extérieurs, des zones d'échanges importants comme les galleries ventilées ou des rivières souterraines.
La composition chimique de l'air ambiant peut être significativement modifiée par des dégagements ou des afflux gazeux (gaz carbonique, ozone, méthane). La teneur en gaz carbonique - variable dans le temps et l'espace - peut, par exemple, y être étonamment élevée, au point de rendre l'air irrespirable pour l'homme. En dehors des zones profondes, ce microclimat peut subir l'influence des conditions climatiques extérieures. Les variations de la pression atmosphérique et de la température au-dehors provoquent la mise en mouvement des masses d'air interne et engendrent des courants parfois violents et versatiles, ainsi que des modifications hygrométriques pouvant entraîner la formation de brouillard dans la zones sursaturées ou, au contraire, une baisse significative de l'humidité ambiante.
L'eau, dont nous venons de parler, est un élément majeur du biotope souterrain. Elle provient directement de l'extérieur, parfois par la capture partielle ou complète d'une rivière, mais le plus souvent par la percolation des eaux de surface au travers des fissures de la roche, par écoulement dans les dolines, les chantoires ou par d'autres pertes diffuses... Elle y arrive également de manière indirecte par condensation sur les parois et par la présence ou la proximité de la nappe phréatique. Le niveau de cette nappe est essentiellement variable: des crues importantes peuvent noyer tout ou partie du réseau de galleries ou de fissures. Cette eau est le facteur numéro un d'apport de nourriture pour bon nombre d'organismes cavernicoles.