L'objectif prioritaire de la conservation est d'assurer le maintien des écosystèmes et de la biodiversité qu'ils contiennent. Le suivi des populations (et en particulier les espèces vulnérables) constitue la meilleure évaluation de l'efficacité et de l'adéquation des mesures de conservation prises en faveur de ces espèces. Le suivi biologique d'un site doit si possible comprendre un relevé de la présence/absence des espèces communes, rares, vulnérables et de grande valeur scientifique, et un relevé quantitatif (nombre d'individus, dynamique de population, rapport mâle/femelle...). Le recours à des espèces indicatrices permet d'évaluer à moindre coût (études limitées à des groupes indicateurs), le potentiel biologique d'un site ou d'un massif. La détermination des espèces et de la biodiversité dans une cavité implique l'expertise de taxonomistes. Pour ce faire il faut promouvoir la recherche parallèlement à la connaissance dans les cavités protégées. La collaboration scientifique/spéléologue prend tout son sens dans ce domaine et doit certainement être renforcée.
Les analyses des paramètres du milieu souterrain peuvent être très coûteuses, difficilement interprétables et comparables d'une cavité à l'autre. De ce fait, nous suggérons de limiter à un certain nombre de mesures standards : température de l'air, de l'eau et des sédiments, ainsi que de la qualité des eaux.
La température est un élément essentiel et "intégrateur" de l'état physique de l'environnement:
Pour pouvoir réaliser ces mesures précises de température (au 1/10e de degré) nous suggérons l'achat par la Région wallonne pour chaque Direction Régionale concerné par des cavités sous statut (soit 7 directions) d'un thermomètre électronique. C'est avec cet appareil (d'une même marque et bénéficiant des mêmes contrôles et calibrations) que les mesures devraient être faites sous terre.
En ce qui concerne les analyses d'eau, il faut déterminer la présence/absence d'eau en différents points de la cavité. Ceci devrait faire l'objet d'un report sur topographie différentiant les eaux stagnantes et courantes (ex. gours avec hauteur d'eau). Dans des cas avérés de pollution, des analyses concernant les hydrocarbures, les bactéries peuvent être envisagées...
Distribution et localisation des observations et mesures réalisées dans les cavités: toutes ces mesures et observations doivent être clairement localisées dans la cavité. Ainsi la température d'une année sur l'autre pourra être mesurée au même endroit et être comparable. Les personnes réalisant ces relevés disposeront d'une topographie (mise a disposition sur le site web traitant des Cavités Souterraines d'Intérêt Scientifiques). Un quadrillage numéroté sur cette topo permet de facilement mentionner l'endroit (la maille) ou chaque observation et mesure sont réalisées (ainsi que la date et le nom de l'observateur).