Absorption directe: Les polluants pénétrant dans les sites karstiques, particulièrement dans les chantoirs (et en général tous les points d'absorption directe), les grottes actives (c'est-à-dire présentant des rivières souterraines ou des affleurements de la nappe), ou les dolines et dépressions absorbantes atteignent directement les eaux souterraines sans transit par le sol, donc sans aucune filtration ni transformation par celui-ci.
Absence complète de filtration: En outre, conséquence de la perméabilité « en grand » des réseaux de conduits et de fissures, les eaux circulent des pertes aux exutoires en l'absence complète de filtration. Cette situation défavorable peut être légèrement améliorée lorsque les fissures et les conduits sont remplis de sable ou de gravier pouvant retenir une partie des éléments en charge dans l'eau.
Dépôt provisoire par décantation: L'absence de filtration n'exclut pas cependant une certaine décantation dans les poches d'eau et les lacs souterrains par exemple, décantation qui peut donner aux émergences une limpidité trompeuse. Par ailleurs, lors des crues, les éléments décantés peuvent être remis en circulation et produire des eaux troubles.
Absence d'auto-épuration: Les phénomènes d'auto-épuration transformant les matières organiques polluant les cours d'eau superficiels sont liés à la présence de la lumière solaire et à un taux minimum d'oxygène dissous. Dans le milieu souterrain, la lumière fait défaut et il y a peu de renouvellement de l'oxygène dissous, particulièrement dans les réseaux noyés.
Transit et partage des eaux polluées: Les intercommunications entre les réseaux voisins entraînent un partage des eaux et par conséquent des polluants qu'elles contiennent. Le cas simple d'un seul point d'absorption alimentant une seule résurgence est rare, et la majorité des circulations souterraines sont beaucoup plus complexes. A ces considérations topographiques s'ajoutent les effets du régime des eaux pouvant modifier les inter-communications. Par exemple, des eaux polluées peuvent n'atteindre une émergence donnée qu'en régime de hautes eaux ou au contraire à l'étiage. Autrement dit, dans les calcaires fissurés, les polluants peuvent se propager sur de grandes distances et dans des directions apparemment imprévisibles.
Transit rapide de polluants: L'absence de filtration et la « perméabilité en grand » des massifs karstiques ont pour conséquence de provoquer un transit rapide des polluants dans le milieu souterrain..
Cet ensemble de caractéristiques défavorables fait que, pour préserver les importantes ressources en eau karstique, il est impératif d'accorder une attention particulière à l'impact des activités polluantes ainsi qu'à l'impact des modifications du régime des eaux dans les régions calcaires. Toutes les informations hydrogéologiques contenues dans l'Atlas (points d'absorptions, circulations souterraines, résurgences, bassins versants et hydrogéologiques) sont autant d'éléments indispensables à la compréhension du milieu karstique et à la bonne gestion des eaux souterraines..
Certaines de ces "rivières souterraines" ont été reconnues par traçage. Pour un nombre important d'entre elles, le traçage a été effectué il y a de très nombreuses années et dans des conditions techniques parfois approximatives. Une actualisation des traçages s'avère dans ce contexte d'une grande utilité, notamment en vue de la détermination des zones de protection de certains captages.