Les cavités naturelles présentent en particulier des biotopes originaux et une faune remarquable (chauves-souris, faune troglobie et stygobie, espèces relictes, rares et endémiques ...).
De plus, l'intérêt paysager et écologique que présentent en surface les dépressions karstiques (chantoirs, dolines, abannets) boisées et isolées au sein d'espaces ouverts de champs et de pâtures, par exemple, ne peut être négligé.
Il convient dès lors de conserver un certain nombre de zones karstiques en général et de sites souterrains remarquables en particulier.
La réglementation wallonne en matière de gestion et de conservation des milieux naturels, qui tire ses fondements de la loi du 12 juillet 1973 sur la conservation de la nature, permet en partie de réaliser cet objectif. L'objet de cette loi-cadre est "la sauvegarde du caractère, de la diversité et de l'intégrité de l'environnement naturel par des mesures de protection de la flore et de la faune, de leurs communautés, de leurs habitats, ainsi que du sol, du sous-sol et de l'air".
Il existe deux types d'application de cette loi-cadre:
Dans le cadre de cette loi, il reste à obtenir la protection effective et généralisée de la faune troglobie et stygobie, ainsi que des concrétions de grottes, ornements essentiels des paysages souterrains.
Au niveau européen, la Directive Habitats 92/43/CEE (du 21 mai 1992) concernant « la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages », doit permettre de dresser une liste des sites souterrains d'intérêt communautaire, que la Région Wallonne peut proposer à la Commission.
D'autre part, le Conseil de l'Europe, dans le cadre de la « Convention relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe » a émis en 1992 une recommandation (n°36) sur la « conservation des habitats souterrains ». Cette recommandation indique clairement les actions spécifiques à entreprendre, définit des critères de sélection des habitats souterrains d'intérêt biologique et propose des modalités de protection et d'aménagement des habitats souterrains.
D'autre part, l'Union Mondiale pour la Nature (UICN) vient de son côté d'émettre des « recommandations pour la protection des grottes et du karst ».
En Wallonie, un premier pas vers la conservation des habitats a été franchi par la publication au Moniteur Belge du 18 mars 1995 d'un arrêté du Gouvernement Wallon du 26 janvier 1995 « organisant la protection des cavités souterraines d'intérêt scientifique » (voir plus loin)
Outre la loi sur la conservation de la nature et ce dernier arrêté, le Code Wallon de l'Aménagement du Territoire et de l'Urbanisme et la législation sur la protection du Patrimoine (CWATUP), peuvent assurer également une certaine protection du milieu naturel souterrain.